La figura del Commissario del Governo nelle Regioni a Statuto speciale ha avuto e continua ad avere un ruolo e delle competenze diverse e distinte da quelle previste nell'originario art. 124 della Costituzione abrogato dalla Legge costituzionale n.3 del 2001.
Tale figura continua ad essere presente nel panorama istituzionale di tali regioni sia pure con tratti peculiari e specifici.
Si pensi al Commissario dello Stato nella Regione Sicilia, al Rappresentante del Governo nella Regione Sardegna e ai Commissari di Governo di Trento e Bolzano nelle Province Autonome che hanno competenze e un ruolo tradizionalmente diverso da quello previsto nell'abrogato art. 124 Cost.
Questo discorso vale a maggior ragione per il Commissario di Governo nella Regione Friuli Venezia Giulia che ha ab initio svolto un ruolo ed esercitato competenze del tutto originali.
Infatti con l'approvazione con Legge costituzionale n.1 del 31.1.1963 dello statuto della Regione F.V.G. l'art. 70 trasferiva al Commissario del Governo i poteri di amministrazione del Commissario Generale del Governo per il territorio di Trieste, non trasferiti ad altri organi, tra cui quelli relative alle competenze per la gestione del c.d. " Fondo Trieste" .